1940 жылы Карлаг басқармасы ескі шеберханалар негізінде жөндеу-механикалық зауыт салуды бастады. Бұл зауыт лагерьдің барлық бөлімшелерін ауыл шаруашылығы машиналары мен қозғалтқыштарының барлық түріндегі бөлшектермен және керек-жарақтармен қамтамасыз етті. Зауытта 850 тұтқын еңбек етті.
Соғыстың алғашқы жылдарында зауытқа «М-50» миналарын шығару міндеті қойылды. Тұтқын инженерлер мен жұмысшылар конвейерлік өндіріс желісін жасап, миналарды шығаруды ұйымдастырды. Бір жылдың ішінде 10 мың дана мина құйылып, олардың сапасы мен жарылғыш қасиеті Оралдағы әскери зауытта тексерілді және жоғары деңгейде екені расталды.
«М-50» миналарын толық меңгермей жатып, зауытқа «М-82» миналарын шығару жаңа тапсырмасы берілді. Оны орындауға екі ай уақыт берілді, және тапсырма сәтті орындалды. Соғыстың соңына қарай ай сайын 40 мың мина шығарыла бастады. Сонымен қатар зауыт майдан үшін көптеген басқа да әскери тапсырыстарды орындады.
Соғыс кезінде бензин жетіспегендіктен, зауытта автомобиль қозғалтқыштарын газогенераторға ауыстыруға арналған құрылғылар өндірілді және мыңнан астам автомобиль беріліс қораптары жиналды. Сол уақытта зауыттың құю цехында ТН-15 және ТН-20 токарь-винторез станоктарына арналған станиналар, ою, бұрғылау станоктарына арналған станиналар, СТЗ тракторларының блок басы, сондай-ақ басқа да көптеген өнімдер құйылды.
Москваны жау баспаққа талпынған шақта, Қазақстанда құрылып жатқан атты дивизияға шұғыл түрде шабуыл қылыштары керек болды. Зауытқа 800 қылыш жасау тапсырмасы берілді. Металл қайдан алынсын? Қылыштар серпімді болуға тиіс еді. Сондықтан сынған автомобиль серіппелерінен және вагон бөлшектерінен қылыштар жасалды, бойлық ойықтары тегістеуішпен өңделді, ал тұтқалары Қарабас орталық ағаш өңдеу шеберханасында дайындалды. Қылыштар сапалы деп танылып, әскери бақылаудан өтті.
1944 жылдың қыркүйек айында Карлаг басқармасының бастығы, КГБ подполковнигі Соколов ІІХК ГУЛАГ бастығына, III дәрежелі мемлекеттік қауіпсіздік комиссары Наседкинге «Есепхат» жолдады. Ол былай деп жазған: «Соғыс кезінде неміс басқыншыларын талқандауда бүкіл совет халқының жалпы патриоттық көтерілісі лагердегі дені сау тұтқындарға да әсер ететіні сөзсіз». 1944 жылғы 1 тамызда Мемлекеттік қорғаныс комитетінің (ГКО) қаулысымен, Қорғаныс халық комиссариатының (НКО) және Ішкі істер халық комиссариатының (НКВД) бұйрықтарымен, сондай-ақ КСРО Жоғарғы Кеңесі Президиумының жарлығымен барлығы 6672 тұтқыннан 4892-сі мерзімінен бұрын бостандыққа шығарылып, майданға жіберілді. Есепхатта айтылғандай, мерзімінен бұрын босату тұтқындар арасында үлкен моральдық көтеріліске себеп болды. Майданға жіберілген бұрынғы тұтқындар адал қызмет атқарып, ордендер мен медальдармен марапатталды, олардың соттылықтары алынып тасталды, және көптеген адамдар БКП қатарында қабылданды.
Соғыс жылдары Карлаг егін алқаптарын айтарлықтай ұлғайтып, дәнді дақылдар мен көкөніс өндірісін арттырды. Жоспардан тыс қосымша өнімдер мынадай болды: дәнді дақылдар – 42 554 центнер, көкөністер – 2 065 центнер, картоп – 11 459 центнер. Ұлы Отан соғысы кезінде Карлагта «Социалистік мал шаруашылығы үшін» атты газеті шығарыла бастады. Газетте лагерьдің партиялық, шаруашылық және мәдени өміріне қатысты мақалалар мен ескертпелер жарияланды. Тұтқындар мен еңбек армиясының әскери қызметкерлері фашизмге қарсы жеңіске үлес қосу үшін көптеген құрылыс алаңдарында, зауыттарда, орман кесулерде, шахталар мен кен орындарында қажырлы еңбек етті. Олар сансыз адам шығынына ұшырап, физикалық және моральдық ауыр азаптарды тартты. Бұл адамдардың ішінде көптеген қазақтар, өзбектер, финдер, румындар, венгрлер, корейлер болды. Олардың тағдыры – Екінші дүниежүзілік соғыстың батыл әрі трагедиялық тарихының бір бөлігі болып табылады.
